Một thành quả lớn của Hội đồng Giám mục Việt Nam trước năm 1975 là việc hình thành và điều hành Viện Đại học Đà Lạt.[5]

Sau khi Hội đồng Giám mục Việt Nam họp phiên đầu tiên năm 1980, hai phái đoàn Giám mục Việt Nam đã lên đường đi Rôma thực hiện cuộc viếng thăm Ad Limina theo thông lệ 5 năm một lần, yết kiến Giáo hoàng Gioan Phaolô II và viếng mộ hai thánh tông đồ Phêrô và Phaolô. Đoàn thứ nhất do Hồng y Trịnh Văn Căn làm trưởng đoàn và đoàn thứ hai do Tổng giám mục Nguyễn Văn Bình làm trưởng đoàn. Sau chuyến viếng thăm này, Vatican đã bổ nhiệm thêm nhiều giám mục mới như: Giám mục Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Sang, Giuse Trịnh Chính Trực, Phêrô Trần Thanh Chung, Aloisiô Hà Kim Danh[cần dẫn nguồn].

Xin phong thánh Việt Nam

Ngày 16 tháng 11 năm 1985, Hồng y Trịnh Văn Căn đại diện cho 39 Giám mục Việt Nam đã đệ trình thỉnh nguyện thư lên Giáo hoàng Gioan Phaolô II đề nghị mở lại hồ sơ các chân phước tử đạo Việt Nam và cứu xét các vị lên hàng Hiển Thánh. Ngày 19 tháng 6 năm 1988, Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã long trọng tôn phong 117 Thánh tử đạo Việt Nam tại Quảng trường Thánh Phêrô (Vatican).

Quan điểm về các vấn đề xã hội, chính trị Việt Nam

Tháng 5 năm 2012, Ủy ban Công lý và Hòa bình trực thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam đã đưa ra bản thông cáo "Nhận định về một số tình hình tại Việt Nam hiện nay".[6] Theo đó, họ cho rằng nền kinh tế Việt Nam đang bộc lộ những nguy cơ nghiêm trọng, tác động trực tiếp đến cuộc sống của người dân và tương lai của đất nước. Định hướng kinh tế lấy quốc doanh làm chủ đạo đã tạo ra độc quyền và lạm quyền, làm méo mó sự vận hành cần có của nền kinh tế thị trường. Doanh nghiệp nhà nước đóng góp ít vào tăng trưởng kinh tế nhưng lại nhận nhiều đặc quyền đặc lợi, gây bất công và kìm hãm sự phát triển của khối tư nhân. Bên cạnh đó, ủy ban này còn chỉ trích Luật đất đai hiện hành của Việt Nam vừa đi ngược tự nhiên, vừa không tôn trọng Tuyên ngôn quốc tế về nhân quyền. Luật đất đai đó quy định đất đai thuộc sở hữu toàn dân, nhưng do Nhà nước quản lý đã làm cho hàng triệu người cảm thấy mất đất và chẳng có quyền tự do hành xử trên "mảnh đất ông bà tổ tiên". Trên thực tế, sở hữu toàn dân không phải là phương thức quản lý đất đai tốt nhất, còn việc Nhà nước làm chủ sở hữu đã phát sinh đặc quyền, đặc lợi của chính quyền các cấp trong việc quy hoạch và thu hồi đất cho các dự án, tước mất quyền căn bản của người dân.

Đến ngày 1 tháng 3 năm 2013, Hội đồng Giám mục Việt Nam cũng chính thức gửi thư nhận định và góp ý sửa đổi Hiến pháp cho Ủy ban Dự thảo sửa đổi Hiến pháp năm 1992.[7] Qua lá thư này, họ chất vấn chính quyền Việt Nam về việc làm sao có thể thực hiện quyền tự do ngôn luận và tự do sáng tạo văn học, nghệ thuật khi mà tư tưởng bị đóng khung trong một chủ thuyết là chủ nghĩa Mác-Lênin và tư tưởng Hồ Chí Minh. Họ đề xuất nền tảng chủ thuyết để tổ chức và điều hành xã hội Việt Nam là truyền thống văn hóa phong phú của dân tộc chứ không phải bất kỳ một hệ ý thức nào khác. Thư này cũng cho rằng Hiến pháp Việt Nam không nên và không thể khẳng định sự lãnh đạo mặc nhiên, không thông qua bầu cử của bất kỳ đảng phái chính trị nào. Thư góp ý đề xuất nhà nước Việt Nam thực hiện mô hình quản lý theo kiểu tam quyền phân lập: lập pháp, hành pháp và tư pháp; phân biệt rõ vai trò của đảng cầm quyền và nhà nước pháp quyền. Nhìn chung, thư góp ý sửa đổi Hiến pháp này được sự ủng hộ của nhiều tín hữu và giới bất đồng chính kiến.[8] Có ghi nhận rằng nhiều giáo xứ, tổ chức Công giáo trong và ngoài nước đã tổ chức lấy ý kiến ủng hộ cho thư góp ý đó.

Ngày 9 tháng 5 năm 2014, Tổng giám mục Phaolô Bùi Văn Đọc - thay mặt Hội đồng Giám mục Việt Nam viết thư kêu gọi nêu quan điểm về tình hình Biển Đông, cụ thể là Sự kiện giàn khoan HD-981. Trong đó, ông nói rằng những thỏa ước tôn trọng tình hữu nghị giữa hai quốc gia láng giềng, giữa hai Đảng cộng sản (Việt Nam và Trung Quốc) thực tế đã cho thấy không mang lại lợi ích cho dân nước Việt Nam, mà còn đưa đất nước vào tình trạng lâm nguy. Ông kêu gọi Chính phủ Việt Nam kiên trì đường lối ngoại giao, đối thoại để giải quyết xung đột nhưng có lập trường kiên định lấy đạo lý truyền thống dân tộc vì dân, vì nước để thực hiện đường lối chính sách với Trung Quốc.[9]

Ngày 4 tháng 5, năm 2015, Ban thường vụ của Hội đồng Giám mục Việt Nam gửi đến Chủ tịch Quốc hội Việt Nam và Ban Tôn giáo Chính phủ Việt Nam bản nhận định và góp ý về Dự thảo Luật tín ngưỡng, tôn giáo mà nước này đang nghị trình. Theo đó, Hội đồng Giám mục Việt Nam không đồng ý bản dự thảo này.[10] Họ cho rằng nó đi ngược lại với quyền tự do về tín ngưỡng và tôn giáo, gây lo ngại nhiều hơn là đem lại sự bình an cho mọi người;[11] đi ngược lại với Tuyên ngôn Nhân quyền Quốc tế (Điều 18) và Hiến pháp Việt Nam sửa đổi năm 2013 (Điều 24);[11] là một bước thụt lùi so với Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo năm 2004 của Việt Nam;[11] tạo ra quá nhiều thủ tục rườm rà, nhiều cơ chế khắt khe, ràng buộc, khiến các sinh hoạt tôn giáo bị cản trở.[11]

Tranh chấp sở hữu đất tòa khâm sứ cũ ở Hà Nội

Đây là một trong những vụ việc gây nên những làn sóng lớn trong Công giáo cũng như truyền thông Việt Nam.Vào năm 2008, trước những diễn biến căng thẳng về tranh chấp đất đai có liên quan đến Tổng Giám mục Hà Nội Giuse Ngô Quang Kiệt tại Tòa khâm sứ Hà Nội và tại khu đất 178 Nguyễn Lương Bằng, Hội đồng Giám mục Việt Nam đã ra quan điểm về một số vấn đề.[12] Tổng Thư ký Hội đồng Giám mục Việt Nam, Tổng Giám mục Hà Nội Giuse Ngô Quang Kiệt đã từ nhiệm vì lí do sức khỏe và Phêrô Nguyễn Văn Nhơn Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam lên kế nhiệm làm Tổng Giám mục Hà Nội.[13]